È costituita la Conferenza dei Rettori delle Università Italiane, anche denominata Conferenza Permanente dei Rettori delle Università Italiane, in seguito detta CRUI. Essa è un'associazione avente sede in Roma, Via Salaria n. 113.

La CRUI, nel pieno rispetto dell'autonomia del singoli atenei, ed in attuazione dei principi sanciti dalla Costituzione e dalla Magna Charta dell'Università, svolge attività di coordinamento e di indirizzo del sistema universitario nazionale.
Essa promuove ed approfondisce lo studio dei problemi dell'Università e ne rappresenta le esigenze e gli orientamenti ispirandosi alla conoscenza obiettiva di interessi che superano quelli di singoli settori e di singole categorie.
A questo fine la CRUI: raccoglie dati sull'Università; è organo consultivo nei confronti delle Autorità dello Stato, e in particolare dei Ministri competenti, nei casi espressamente previsti dalla legge nonchè ogni qual volta sia ritenuto opportuno acquisirne il parere; formula valutazioni e proposte di provvedimenti, anche legislativi, diretti al migliore ordinamento didattico e scientifico delle Università ed al più idoneo funzionamento dei relativi servizi.
La CRUI, inoltre, mantiene rapporti con enti, associazioni ed organizzazioni nazionali ed internazionali, in particolare con enti ed organismi dell'Unione Europea; promuove scambi universitari internazionali ad ogni livello; assume ogni altra iniziativa che possa giovare al potenziamento dell'insegnamento superiore e della ricerca ed a mantenere elevato il prestigio dell'Università.

Sono membri della CRUI, a doman da, i rettori o direttori delle Università statali o libere riconosciute e degli Istituti di istruzione universitaria statali o liberi riconosciuti, nonchè, per le nuove istituzioni universitarie, i presidenti dei comitati ordinatori o degli organi temporanei di gestione comunque denominati.
I membri della CRUI sono distinti in membri ordinari e aggregati.
Sono membri ordinari tutti i membri della CRUI alla data del primo gennaio 1999, nonchè i rettori o direttori delle istituzioni universitarie che soddisfano ai seguenti requisiti:

1. hanno almeno tre anni di attività riconosciuta;
2. godono di autonomia statutaria;
3. prevedono, come rettore o direttore, un professore dell'istituzione universitaria, eletto o designato da un organo di governo della medesima istituzione;
4. ammettono studenti in possesso del titolo conclusivo di scuola secondaria superiore o equivalente straniera;
5. sono autorizzate a rilasciare titoli universitari di differente livello e in più di un'area disciplinare;
6. sono in grado di condurre, per disponibilità ed impegno di risorse, attività di ricerca in tutte le aree in cui svolgono attività didattica;
7. dispongono di proprio personale in numero e qualità sufficiente per svolgere sia attività di ricerca che attività didattica nelle aree disciplinari di loro interesse.

Sono organi della CRUI:
- l'Assemblea Generale;
- il Presidente;
- il Comitato di Presidenza;
- i Vice-Presidenti, in numero di due;
- il Segretario Generale.

Le cariche direttive sono conferite solo a membri ordinari della CRUI, hanno durata biennale e non possono essere assunte per più di due mandati consecutivi. Una successiva rielezione potrà avvenire solo dopo che sia trascorso un periodo pari alla durata di un intero mandato. Le elezioni alle cariche direttive si tengono, di norma, nella prima seduta di ogni anno solare.

L'Assemblea Generale è composta da tutti i membri della CRUI. Essa è convocata dal Presidente almeno quindici giorni prima della data fissata per l'Assemblea. In caso di urgenza la convocazione può essere fatta senza l'osservanza del termine di cui sopra.
L'Assemblea è convocata ogni qual volta il Presidente lo ritenga opportuno e di norma una volta al mese.
L'Assemblea deve altresì essere convocata dal Presidente quando lo richiedano almeno tre membri del Comitato di Presidenza o, con richiesta scritta, almeno cinque rettori.
L'Assemblea Generale è validamente costituita con la presenza della metà più uno dei membri e le deliberazioni sono assunte di norma a maggioranza dei presenti, tranne nei casi in cui non ne sia prevista esplicitamente una diversa. Ogni membro ha diritto ad un voto. Le votazioni si fanno per alzata di mano, a meno che cinque dei presenti chiedano la votazione per scrutinio segreto. Quando non abbiano la possibilità di intervenire personalmente, i rettori possono farsi rappresentare, oltre che dal Pro-Rettore, da un delegato espressamente designato per iscritto.

Il Presidente è un membro ordinario eletto dai soli membri ordinari durante un'Assemblea Generale - convocata e presieduta dal Decano - a maggioranza assoluta dei membri ordinari presenti nelle prime tre votazioni; la quarta avrà luogo tramite ballottaggio tra i due candidati che hanno riportato il maggior numero di voti. Le votazioni si tengono di norma nella stessa giornata.
Il Presidente presiede le riunioni dell'Assemblea Generale e del Comitato di Presidenza; ha la rappresentanza della CRUI, è responsabile dell'esecuzione delle deliberazioni assunte dall'Assemblea.
In occasione della presentazione del budget economico-finanziario e del bilancio di esercizio al Comitato di Presidenza e all'Assemblea, il Presidente presenta una relazione sull'attività e sulla gestione della CRUI.

Il Comitato di Presidenza è composto dal Presidente della CRUI e da altri dieci membri ordinari eletti dai membri ordinari durante un'Assemblea Generale sulla base del maggior numero di voti riportati: ciascun voto deve essere limitato a tre preferenze; a parità di voti risultano eletti i più anziani di nomina a Rettore. Ai lavori del Comitato, nel biennio successivo alla scadenza del mandato, partecipa, a titolo consultivo, il precedente Presidente. Il Comitato è presieduto e convocato dal Presidente della Conferenza.
In caso di decadenza dall'Ufficio di Rettore di uno dei membri del Comitato, questi viene sostituito dal primo dei non eletti fino al completamento del mandato biennale del Comitato.

I Vice-Presidenti sono eletti dal Comitato di Presidenza tra i membri dello stesso. L'elezione avviene sulla base del maggior numero dei voti riportati; ciascun voto deve essere limitato ad una sola preferenza; a parità di voti è eletto il più anziano di nomina a Rettore. I Vice-Presidenti svolgono le mansioni del Presidente su delega dello stesso: nei casi di assenza od impedimento del Presidente le mansioni vengono svolte dal Vice-Presidente più anziano di nomina a Rettore.

Il Segretario Generale è nominato dal Presidente tra i membri del Comitato di Presidenza. Coadiuva il Presidente in tutte le attività di organizzazione e preparazione delle riunioni della Conferenza e di esecuzione delle relative deliberazioni. Determina le direttive sul funzionamento degli Uffici della CRUI, esercitando la vigilanza su tutte le attività patrimoniali, amministrative e contabili. Presenta all'approvazione dell'Assemblea il Regolamento Amministrativo della CRUI, che contiene tutte le norme relative all'amministrazione e alla contabilità della CRUI e al funzionamento dei suoi uffici. Presenta altresì al Comitato di Presidenza e all'Assemblea il budget economico-finanziario e il bilancio di esercizio, come pure tutti i documenti e le scritture contabili delle quali il Regolamento Amministrativo preveda l'approvazione da parte dell'Assemblea.

Alle riunioni dell'Assemblea ed a quelle del Comitato di Presidenza possono essere invitati di volta in volta, su iniziativa del Presidente e per la parte di loro competenza, esperti o responsabili di servizi che interessano l'Università.

In seno alla Conferenza dei Rettori possono essere costituite Sezioni o Commissioni per lo studio dei singoli problemi, cui possono partecipare anche esperti qualificati nella materia oggetto dello studio.

Le Università e gli Istituti di istruzione universitaria appartenenti alla CRUI provvedono al finanziamento della Conferenza stessa versando un contributo nella misura stabilita annualmente dall'Assemblea Generale.

Ogni esercizio finanziario inizia il primo gennaio ed ha la durata di un anno solare. L'Assemblea incarica della revisione dei bilanci una società di revisione iscritta nell'apposito Albo tenuto presso la CONSOB.

Le modifiche alle norme statutarie sono approvate dai membri ordinari a maggioranza assoluta degli aventi diritto.

Oggi la CRUI si configura come un'associazione privata non riconosciuta, esistente ed operante ai sensi dall'art. 34 e seguenti del Codice Civile, che ha compiti di studio e di coordinamento tra gli atenei.