Il Presidente, rappresentante legale della Conferenza, viene eletto ogni due anni dall'Assemblea Generale e non può assumere la carica per più di due mandati consecutivi: convoca e presiede l'Assemblea Generale e il Comitato di Presidenza, ne predispone gli ordini del giorno e i lavori preparatori, fornisce elementi per le scelte da operare, organizza e prepara le riunioni della Conferenza e ne fa eseguire le deliberazioni. Il Presidente ha inoltre compiti di ricerca, studio e programmazione, attività in cui è affiancato dalle Commissioni ad hoc.

I due Vice-Presidenti sono eletti dal Comitato di Presidenza tra i membri dello stesso: svolgono, anche disgiuntamente e con precedenza al più anziano di nomina a rettore, le mansioni del Presidente su sua delega o per suo impedimento o assenza.

Il Segretario Generale è nominato dal Presidente tra i membri del Comitato di Presidenza: dà al Direttore Operativo - nominato a sua volta dal Presidente - le direttive per il funzionamento del segretariato; cura il patrimonio della CRUI; vigila sulla tenuta dei registri e dei documenti contabili; cura la preparazione del bilancio annuale sia preventivo che consuntivo (che devono essere presentati, accompagnati da una relazione del Comitato di Presidenza, all'Assemblea Generale per l'approvazione).