La Conferenza dei Rettori, nell'Assemblea del 25 gennaio 2001, ha deliberato all'unanimità di chiedere ai Ministri dell'Università e della Ricerca Scientifica e Tecnologica e della Sanità la rapida conclusione dell'iter di formulazione delle linee guida nazionali per l'applicazione del decreto legislativo 517/99 ai fini della stesura dei protocolli d'intesa fra Regioni ed Università.
La Conferenza dei Rettori unanime ha nel contempo ribadito che le linee guida debbono rispettare alcuni fondamentali principi di salvaguardia della peculiarità delle costituende Aziende Ospedaliero-Universitarie, in quanto sede dell'espletamento delle attività assistenziali dei medici universitari necessarie alle loro funzioni istituzionali e con esse inscindibilmente integrate: una peculiarità che si traduca, nel corso dei prossimi quattro anni, nell'istituzione di un unico modello di Azienda ove le Facoltà di Medicina e Chirurgia possano adeguatamente svolgere le proprie attività assistenziali.
La Conferenza dei Rettori chiede altresì che le linee-guida riconoscano il fondamentale ruolo delle Facoltà di Medicina nella formazione del medico, dell'odontoiatra, del personale sanitario e del medico specialista, pur nel corretto ed opportuno rapporto di collaborazione con il Servizio Sanitario Nazionale.
Le linee guida dovrebbero indicare chiaramente l'obbligo per le Regioni di riconoscere adeguati costi aggiuntivi alle Aziende ove operano le Facoltà di Medicina e Chirurgia e assicurare che l'impiego di risorse delle Università a sostegno delle Aziende sia certificato.
Per rispettare le peculiari finalità delle Aziende Ospedaliero-Universitarie ed il dettato del decreto legislativo 517/99 è naturale che i dipartimenti ad attività integrata, che sono le strutture caratterizzanti tali Aziende perché gestiscono le attività assistenziali in modo da renderle coerenti ed integrate con le funzioni istituzionali di didattica e di ricerca, siano diretti da professori universitari. Al loro interno, le strutture complesse e semplici consentiranno l'auspicata e giusta armonizzazione fra attività assistenziali, di didattica e di ricerca solo se corrisponderanno ai settori scientifico-disciplinari di coloro che afferiscono ai dipartimenti stessi. Le responsabilità assistenziali dovrebbero essere attribuite nel rispetto delle normative universitarie. La Conferenza dei Rettori ribadisce peraltro che i medici universitari dovrebbero svolgere solo le funzioni assistenziali che sono necessarie a, ed integrate con, quelle di didattica e di ricerca, per cui l'entità globale delle attività assistenziali (di solito parametrata in modo semplificativo come numero di posti letto) a direzione universitaria dovrebbe essere commisurata a queste necessità. A questo proposito, ritiene che, da una fase transitoria di flessibilità sui parametri numerici da utilizzare per quantizzare tali attività, con un ampio range che consente margini di decisione a livello dei confronti fra Regioni ed Università, si debba procedere ad un progressivo allineamento verso valori che rispecchino le effettive esigenze a regime.
La Conferenza dei Rettori è consapevole della grande delicatezza dell'attuale momento, nel quale si intrecciano tendenze al rinvio delle linee-guida ed altre, opposte, ma che potrebbero ottenere lo stesso risultato, che, agitando il rischio del rinvio, tentano di allineare le Aziende Ospedaliero-Universitarie a quelle Aziende in cui non operano Facoltà di Medicina. Auspica che i Ministri vogliano comprendere e valutare positivamente la fase di razionalizzazione e di autovalutazione che le università e le Facoltà di Medicina e Chirurgia hanno deciso di aprire: ne è testimonianza il completo allineamento sui principi sopra enunciati fra la Conferenza dei Rettori e la Conferenza dei Presidi delle Facoltà di Medicina e Chirurgia.